Les schémas de migration des baleines à bosse Megaptera novaeangliae (Borowski, 1781) dans l’hémisphère Sud ont été largement étudiés au cours des dernières décennies ( Stevick et coll., 2004, Stevick et coll., 2010; Rosenbaum et coll., 2009; Felix et coll., 2012; Jackson et coll., 2014). Les baleines à bosse sont cosmopolites et, à des fins de gestion et de conservation, les zones de reproduction de l’hémisphère sud étaient historiquement divisées en sept stocks, en fonction de leurs schémas de migration et de leurs zones de reproduction. Le stock reproducteur A comprend les baleines à bosse de l’Atlantique Sud ouest, le stock B de l’Atlantique Sud Est, le stock C de l’océan Indien occidental, le stock D de l’Océan Indien Oriental, le stock E du Pacifique Sud ouest, le stock F de l’Océanie et le stock G du Pacifique Sud Est (IWC, 2015).

Bien que ces divisions suggèrent des itinéraires typiques pour chacun des sept stocks reproducteurs, des échanges occasionnels de baleines à bosse individuelles entre les océans ont été enregistrés dans l’hémisphère Sud (p. ex. Pomilla et Rosembaum, 2005; Stevick et al., 2010). L’identification individuelle des baleines à bosse par photo-identification des douves et des marqueurs génétiques corrobore largement les stocks reproducteurs proposés par la Commission baleinière internationale (CBI) et le faible flux de gènes entre les hémisphères (Jackson et al., 2014). Selon Jackson et coll. (2014), le flux de gènes a été plus limité entre les océans inter-hémisphériques que dans les océans de l’hémisphère Sud. Par conséquent, des observations de rorquals à bosse individuels dans différents stocks du même hémisphère pourraient corroborer le potentiel de flux génétique entre les aires de reproduction méridionales (Stevick et al., 2010). Étant donné que les baleines à bosse des deux hémisphères sont géographiquement et génétiquement différenciées, reflétant un faible flux de gènes organisationnels, trois sous-espèces de M. novaeangliae ont récemment été proposées, M. novaeangliae australis (Lesson, 1828) de l’hémisphère sud, M. novaeangliae novaeangliae (Borowski, 1781) de l’océan Atlantique Nord et M. novaeangliae kuzira (Gray, 1850) de l’océan Pacifique Nord (Jackson et al., 2014).

Rosenbaum et coll. (2009) ont déduit la structure des populations de baleines à bosse de l’Atlantique sud et ont constaté que, bien que des événements migratoires transocéaniques rares aient été enregistrés (Pomilla et Rosembaum, 2005), il existait des agrégations démographiques différentes avec une faible divergence génétique et des taux de migration attendus entre les populations des deux stocks de l’Atlantique Sud A (stock de l’Atlantique Sud ouest) et B (stock de l’Atlantique Sud Est), corroborés par une structure de chant identique parmi ces stocks au cours d’une seule saison de reproduction (Darling et Sousa-Lima, 2005). Ainsi, le flux génétique médié par les mâles de ces deux populations peut se produire lors de la migration ou dans les zones d’alimentation, comme l’ont souligné Rosenbaum et al. (2009). Jackson et coll. (2014) ont également comparé la population du sud de l’océan Atlantique à celles du sud du Pacifique et de l’océan Indien, et ont observé une différenciation faible mais significative avec des taux de migration élevés entre les océans de l’hémisphère Sud.

Des dizaines de carcasses de M. novaeangliae s’échouent chaque année sur la côte brésilienne (Groch et al., 2012) et quelques-uns d’entre eux longent la côte patagonienne, en particulier de juillet à novembre, lorsque les baleines à bosse migrent des aires d’alimentation tempérées et polaires vers les tropiques pour se reproduire et nicher. Ces carcasses représentent une source importante d’information sur un large éventail de questions allant des anomalies du squelette à l’endocrinologie de la reproduction (Groch et al., 2012; Mello et coll., 2017), ainsi que des maladies (par exemple Ott et al., 2016) et des données parasites (Moura et al., 2013). Parmi les ectoparasites, on trouve couramment des amphipodes de crustacés appelés « poux de baleine ” sur M. novaeangliae. Ces poux de baleine n’ont pas de stade de nage libre, de sorte que leur transmission ne peut se produire que lors du contact entre les baleines (Rowntree, 1996; Kaliszewska et al., 2005). Les poux de baleine constituent toute la famille des Cyamidae Rafinesque, 1815, qui comprend 28 espèces dans huit genres, où Cyamus Latreille, 1796 est le genre le plus spécieux, et la majorité des espèces au sein de Cyamus sont des parasites de baleines de voir (Iwasa-Arai et Serejo, 2018). Cyamus boopisLütken, 1870 est la seule espèce vivant sur les baleines à bosse, et il a été enregistré chez M. novaeangliae partout dans le monde (Lütken, 1870; Hurley, 1952; Margolis, 1955; Gruner, 1975; Fransen et Smeenk, 1991; Rowntree, 1996; Abollo et al., 1998; De Pina et Giuffra, 2003; Iwasa-Arai et al., 2017a, Iwasa-Arai et al., 2017b).

Les relations hôte-parasite fournissent un cadre comparatif utile pour examiner les processus évolutifs, car il a été démontré que les taux d’évolution moléculaire chez les parasites étaient considérablement plus rapides que chez leurs hôtes (Page et Hafner, 1996; Kaliszewska et al., 2005). Chez les Cyamidae, les divergences de séquence synonymes peuvent être 10 fois plus rapides que chez leurs hôtes baleines pour les marqueurs homologues (Kaliszewska et al., 2005), compte tenu de leur courte durée de génération (Callahan, 2008; Woolfit, 2009). Par conséquent, la structure génétique des cyamidés pourrait également révéler des rencontres entre des baleines de différents stocks. Par conséquent, les schémas démographiques historiques chez les cyamidés devraient être plus évidents que chez leurs hôtes.

Les études de population des cyamidés sont encore rares, limitées à des analyses utilisant les fragments de la sous-unité I (COI) du gène mitochondrial cytochrome c oxydase de poux de baleine provenant de baleines noires (Eubalaena spp.). (Kaliszewska et coll., 2005) et des baleines grises (Callahan, 2008). Les deux études ont montré des niveaux élevés de diversité génétique pour toutes les espèces de cyamidés et aucune structure de population n’a été trouvée. De plus, Kaliszewska et coll. (2005) ont observé une grande diversité d’haplotypes chez les poux de baleine noire, et bien que les mêmes populations d’espèces présentent une homogénéité génétique, les cyamidés de différentes espèces d’Eubalaena sont géographiquement séparés depuis plusieurs millions d’années et constituent donc trois lignées distinctes, une de chaque espèce d’Eubalaena.

À ce jour, aucune étude n’a été réalisée sur la structure génétique de la population de C. boopis, ectoparasite de l’une des baleines les plus étudiées et cosmopolites au monde. Le but de notre étude était d’estimer la structure de la population de C. boopis à partir de trois stocks reproducteurs de M. novaeangliae de l’hémisphère Sud (stocks A, B et E) sur la base de séquences de gènes COI et de comparer avec des séquences de C. boopis de l’hémisphère Nord, afin d’établir si cette structure de population est corrélée avec la structure génétique des baleines à bosse trouvée dans des études précédentes.

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